Wupatki est le plus grand pueblo dans le parc dans le parc du même nom. Un sentier auto-guidé permet de le visiter.
Les gens habitaient ici dans les années 1100, la construction de ce pueblo a été progressive. Il comprenait, en plus des maisons,  une salle communautaire et un stade pour jeux de balles. En 1182, peut-être 85 100 personnes vivaient à Wupatki Pueblo. À une journée de marche, une population de plusieurs milliers entourait Wupatki.
Wupatki apparaît maintenant vide et abandonné. Bien qu'il ne soit plus physiquement occupé, les Hopi croient que les gens qui ont vécu et y sont morts restent en tant que gardiens spirituels. L'histoire de Wupatki est chargée entre les Hopi, les Zuni, les Navajo, et peut-être d'autres tribus. Des membres de ces tribus reviennent périodiquement pour enrichir leur compréhension personnelle de l'histoire de leur clan. Wupatki se souvient, est préservé, pas abandonné.
Pour visiter les pueblos, il faut rester hors des murs, ne pas enlever ou déranger les caractéristiques, et rester sur les sentiers établis. Ces sites sont vitaux pour les études du passé et sont protégés par la loi fédérale.